Для удаления всех элементов справочника можно использовать объект "СправочникВыборка.<имя>", с помощью которого осуществлять обход и удаление всех элементов справочника. При этом следует учитывать, что если справочник иерархический, то выборка должна быть также иерархической, так как при удалении элемента удаляются и все его подчиненные элементы. Например:
Копировать в буфер обменаВыборка = Справочники.Номенклатура.ВыбратьИерархически();
Пока Выборка.Следующий() Цикл
Выборка.Удалить();
КонецЦикла;
Более подробная информация содержится в разделе "Особенности использования динамических выборок (выборки данных с помощью метода Выбрать …)" диска информационно-технологического сопровождения (ИТС).